教牧博士科的課程分為「必修」和「主修」兩類。教牧博士科的學生在畢業前，必須完成十一門課48個學分，其中包括必修課六門 (24個學分)和主修課四門 (16個學分)，及畢業論文 (8個學分)。

1. 必修課程的內容及代號如下：

2. 主修課程
   主修課程有下列四個範疇，建議的選課方向有：
   1. 釋經的理論與實踐：
      1. 舊約專書與實踐應用
      2. 新約專書與實踐應用
      3. 釋經理論與教會發展的交互影響
      4. 原文解經與實踐應用
      5. 釋經與護教的深度應用
      6. 解經講道的個案研究
      7. 釋經與文化對話的議題
      8. 其它
         
         
   2. 教會事工與教牧領導：
      1. 教會組織的歷史沿革
      2. 當代教會組織的探討
      3. 教會個案研究
      4. 崇拜學研究
      5. 教會教育事工的理論與建構
      6. 教牧個案研究
      7. 領袖塑造的進深研究
      8. 北美新興教會研究
      9. 二代華人事工研究
      10. 其它
          
          
   3. 宣教：
      1. 宣教理論進深研究
      2. 跨文化宣教研究
      3. 美國宣教事工研究
      4. 華人宣教事工研究
      5. 歐洲宣教事工研究
      6. 佈道神學與實踐
      7. 宣教組織研究
      8. 其它
         
         
   4. 家庭輔導：
      1. 教會增長與家庭事工
      2. 兩性關係與婚前輔導
      3. 夫妻關係與婚姻輔導
      4. 性愛與婚姻
      5. 原生家庭與親子輔導
      6. 離婚與再婚輔導
      7. 單親與重組家庭輔導
      8. 災後與危機輔導
      9. 臨終與悲傷輔導
      10. 大眾傳媒與家庭事工
      11. 其它
          
          
3. 主修課程共四門 (16個學分)，課程內容由指導教授和學生依研究的範疇和方向共同決定，並報請教務部核可後實施。
   

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